Đại hội toàn quốc lần thứ VI của Đảng đã quyết định "Để thiết lập cơ chế quản lý mới cần thực hiện một cuộc cải cách lớn về tổ chức bộ máy cơ quan nhà nước"[1], nhưng điều đó chỉ được thực hiện ở mức rất khiêm tốn, nên trên thực tế hiện tại, ai cũng đều rất quan tâm đến thực trạng tổ chức bộ máy nhà nước chưa ngang tầm với đổi mới và phát triển kinh tế, thậm chí có lúc đang là cản trở của sự phát triển kinh tế và nắm bắt thời cơ. Nhưng nội dung về hoàn thiện Nhà nước pháp quyền lần này được nêu lên trong Dự thảo báo cáo vẫn chưa đủ rõ và đúng tầm, đặc biệt là trong tổ chức hệ thống hành chính nhà nước – là vấn đề mà xã hội đang có nhiều băn khoăn nhất. Do vậy trong phần XIII, điểm 2 của Dự thảo báo cáo chính trị lần này về “Hoàn thiện nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa”, đề nghị bổ sung, làm rõ hơn một số nội dung:

1. Nghiên cứu xây dựng hệ thống chính trị nói chung, hệ thống Nhà nước nói riêng phù hợp với thực tế Việt Nam: hoàn thiện Nhà nước pháp quyền, phát huy vai trò xã hội dân sự trong điều kiện một đảng duy nhất cầm quyền, phát triển nền kinh tế thị trường và hội nhập kinh tế quốc tế; .

Từ một nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung, quan liêu bao cấp, dựa trên chế độ công hữu, chuyển sang nền kinh tế vận hành theo cơ chế thị trường với chế độ đa sở hữu, nhiệm vụ lãnh đạo, quản lý đất nước và phương thức hoạt động của hệ thống chính trị nói chung và hệ thống Nhà nước nói riêng đã có những thay đổi, trong khi đó tổ chức bộ máy chưa có sự điều chỉnh phù hợp.

Tình trạng tổ chức bộ máy của cả hệ thống chính trị bao gồm các tổ chức Đảng, Quốc hôị, Chính phủ, các tổ chức chính trị - xã hội đang có xu hướng phình to thêm. Trong nhiệm kỳ Chính phủ hiện nay, tổ chức bộ máy hành chính Nhà nước tuy có được thu gọn một số đầu mối thuộc Chính phủ, song đó đó chỉ là phép cộng đơn thuần các đơn vị lại, các tổ chức bên trong như số vụ, cục, tổng cục vẫn giữ nguyên. Đặc biệt gần đây các tổ chức tổng cục, vụ trong các bộ lại được tăng lên. Các đơn vị hành chính địa phương cũng tăng lên đáng kể (trước Đại hội VI cả nước có 38 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nay có 64 đơn vị, trước có 476 đơn vị hành chính cấp huyện nay đã có 630 đơn vị, trước có 9700 đơn vị chính quyền cơ sở nay có gần 11 ngàn. Nhiệm kỳ của HĐND 1999-2004 cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh 17-21, nay 21-25), cấp huyện 9-11, nay 11-13). Cùng với đó là các cơ quan chuyên môn thuộc UBND ở các cấp gần đây cũng đang được tăng lên tương ứng.

Bên cạnh sự gia tăng bộ máy hành chính nhà nước còn có xu hướng hành chính hoá các tổ chức chính trị xã hội, các hội. Ngoài các tổ chức chính trị – xã hội, đến nay đã có gần 20 hội được Nhà nước bố trí cán bộ và kinh phí hoạt động.

Như vậy, sự gia tăng tổ chức bộ máy của cả hệ thống chính trị không chỉ làm tăng thêm gánh nặng về ngân sách, mà điều quan trọng hơn là dẫn đến tình trạng chồng chéo về tổ chức, trùng lắp về chức năng và nhiệm vụ, làm tăng thêm tình trạng quan liêu và đùn đẩy trách nhiệm. Hơn thế nữa, một công việc phải có sự đồng thuận của nhiều cơ quan, đơn vị nên gia tăng chi phí cả về thời gian vật chất và kinh phí, làm mất thời cơ và giảm sút năng lực cạnh trạnh của nền kinh tế đất nước.

2. Điều quan trọng trước hết để tổ chức bộ máy nhà nước tinh gọn, có hiệu lực là phải tiếp tục xác định rõ nội dung quản lý nhà nước trong nền kinh tế thị trường. Đây là vấn đề lớn, một vấn đề mới mẻ đối với nhà nước ta. Đại hội  toàn quốc lần thứ IX của Đảng đã đề ra “Điều chỉnh chức năng và phương thức hoạt động của Chính phủ theo hướng thực hiện quản lý vĩ mô việc thực hiện các nhiệm vụ chính trị, kinh tế, văn hoá, xã hội, quốc phòng, an ninh và đối ngoại trong cả nước bằng hệ thống pháp luật, chính sách hoàn chỉnh, đồng bộ” (Văn kiện đại hội – Nhà xuất bản  chính trị quốc gia năm 2001 trang 133), và việc thực hiện đã đạt được những tiến bộ nhất định. Song trong thực tế vẫn còn rất lúng túng, sự can thiệp của Nhà nước vào sản xuất kinh doanh vẫn còn nhiều.  Tình trạng các cơ quan hành chính nhà nước ôm đồm, bao biện, làm thay công việc của thị trường, của xã hội còn phổ biến. Trong khi đó, nhiều nhiệm vụ đích thực của quản lý nhà nước vẫn chưa được làm tốt, như xây dựng thể chế, chính sách đồng bộ, kiểm tra, giám sát việc thực hiện pháp luật, xây dựng bộ máy nhà nước, giải quyết các thủ tục hành chính của dân và doanh nghiệp, quản lý đất đai, tài sản công…, nhất là ở các cấp chính quyền địa phương càng lúng túng hơn. Do đó việc tổng kết thực tiễn, xác định rõ ràng hơn nội dung quản lý nhà nước trong nền kinh tế thị trường ở mỗi cấp trong hệ thống hành chính nhà nước là vấn đề quan trọng, là cơ sở để xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và cơ cấu đội ngũ cán bộ, công chức trong mỗi cơ quan, mỗi đơn vị hành chính.

3. Đơn giản bớt cấp trung gian trong bộ máy hành chính nhà nước ở địa phương. Trong Dự thảo báo cáo chính trị ở phần đánh giá tình hình có nêu: “Mô hình tổ chức chính quyền địa phương, nhất là tổ chức hội đồng nhân dân còn những điểm bất hợp lý. Và, trong phần nhiệm vụ có nêu chủ trương “tổ chức hợp lý chính quyền địa phương”, nhưng theo hướng nào thì chưa được chỉ rõ. Do vậy, đề nghị nêu rõ “tổ chức hợp lý chính chính quyền địa phương theo hướng không nhất thiết cả 3 cấp đều có Hội đồng nhân dân”. Đây là vấn đề đã chín muồi, bởi nhiều lần bàn và lấy ý kiến được nhiều địa phương đồng tình, và gần đây nhất trong Đại hội Đảng bộ thành phố Hồ Chí Minh, vấn đề này lại được tiếp tục đặt ra, nhưng chưa được cấp có thẩm quyền tối cao quyết định. Việc giảm bớt một cấp trung gian, không chỉ nhằm giảm bớt một số tổ chức, biên chế không thật cần thiết, mà nhằm bảo đảm cho hệ thống hành chính được thống nhất và thông suốt. Bởi qua các tầng nấc trung gian đó, các chủ trương chính sách dễ bị ngừng trễ, rơi rụng, thậm chí sai lệch, méo mó trước khi đến người thực hiện.

4. Đổi mới cơ chế vận hành bộ máy hành chính ở các cấp chính quyền địa phương. Cơ chế vận hành như hiện nay (cấp trên chỉ đạo cấp dưới) không phù hợp với một nền hành chính "thống nhất và thông suốt" mà Dự thảo Báo cáo chính trị của Đại hội X đã nêu. Cấp trên chỉ đạo cấp dưới theo thứ bậc hành chính sẽ làm cho mọi công việc chậm trễ, bởi khi chưa có sự chỉ đạo của cấp trên, cấp dưới chưa thể thực hiện, tình trạng bị động, trông chờ, ỉ lại khá phổ biến. Đây chính là nguồn gốc đẻ ra tình trạng họp hành lu bù, giấy tờ chồng chất ngày càng gia tăng cùng với sự chậm trễ, dềnh dàng, đùn đẩy trách nhiệm trong hệ thống hành chính nhà nước ở địa phương. Do đó đề nghị đổi mới cơ chế vận hành bộ máy ở các cấp chính quyền địa phương theo hướng: làm rõ thẩm quyền và trách nhiệm của mỗi cấp, chủ động và chịu trách nhiệm trứớc dân, trước pháp luật về những nhiệm vụ được giao, theo sự chỉ đạo thống nhất của Thủ tướng Chính phủ, không chờ sự chỉ đạo của cấp trên; chỉ quy định rất ít những việc cần phải xin ý kiến cấp trên trước khi thực hiện. 

5. Thực hiện thiết chế người đứng đầu cơ quan hành chính  nhà nước ở các cấp, theo chế độ tỉnh trưởng, thị trưởng... Và, không tổ chức Uỷ ban nhân dân ở các cấp chính quyền địa phương. Ở các cấp địa phương, những vấn đề có tính chiến lược đã có các quyết định của Trung ương Đảng, Quốc hội, Chính phủ, phần cụ thể hoá để sát hợp với địa phương đã có Đại hội Đảng bộ các cấp, cấp uỷ, Ban thường vụ cấp uỷ, HĐND; việc bàn và xử lý công việc hằng ngày đã có Thường trực cấp uỷ (Bí thư, Phó Bí thư, Chủ tịch HĐND, Chủ tịch UBND). Thực tế hiệu lực tập thể UBND rất hạn chế và đang là nơi để dựa dẫm và lẫn tránh trách nhiệm, bởi giới hạn các công việc thuộc quyết định của UBND và Chủ tịch UBND rất khó phân biệt. Qua kiểm tra của Bộ Tư pháp vào cuối năm 2005 có 33 đơn vị cấp tỉnh ban hành 84 văn bản trái luật, thì UBND 76 văn bản, Chủ tịch UBND 7 văn bản HĐND 1 văn bản, mặc dù Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến nhưng rất khó quy trách nhiệm để xử lý. Thực chất phần lớn công việc của UBND đều do chủ tịch quyết định trên danh nghĩa UBND, nhưng trách nhiệm cá nhân lại không rõ ràng.

 6. Trong cải cách tư pháp, đề nghị: tổ chức lại cơ quan toà án theo cấp xét xử, không theo cấp hành chính, cũng như theo cách ấy, nếu "thành lập cơ quan tài phán hành chính..."mà Dự thảo Báo cáo chính trị lần này nêu lên, không tổ chức theo cấp hành chính như hiện nay. Thực tiễn cho thấy việc tổ chức các cơ quan xét xử theo cấp hành chính, làm giảm tính độc lập trong xét xử của cơ quan toà án. Đặc biệt là toà hành chính không thể phát huy tác dụng khi tổ chức theo cấp hành chính. Tổ chức như vậy còn làm tăng thêm tính cát cứ, cục bộ của các địa phương.

Chúng tôi ý thức được Báo cáo chính trị không thể nêu hết những vấn đề cụ thể, song định hướng phải đủ rõ mới có căn cứ để cụ thể hoá và thực hiện Nghị quyết của Đại hội. Hơn nữa đây là những vấn đề lớn và rất cơ bản, tuy đã được nêu trong chương trình cải cách hành chính và nhiều đề tài khoa học đã đề cập, nhưng Đảng không có chủ trương thì không thể thực hiện được, và sẽ rất khó có chuyển biến trong tổ chức bộ máy nhà nước, đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế, xã hội của đất nước và hội nhập kinh tế quốc tế.